به گزارش ایسنا به نقل از تی ان، دانشمندان از زمانی که شرکت "دیپ مایند" در کنفرانس "CASP۱۴" سال ۲۰۲۰ خود از پیشرفت چشمگیر خود در این زمینه خبرداد، در انتظار دسترسی به پیش بینی ساختار پروتئین با دقت بالا بوده اند. اکنون انتظارها به پایان رسید.
محققان موسسه طراحی پروتئین (Protein) دانشکده پزشکی دانشگاه واشنگتن در سیاتل در مطالعه اخیر خود با بررسی این موضوع و در نظر گرفتن عملکرد بدست آمده توسط دیپ مایند در این زمینه، روشی جدید را دوباره خلق کرده اند.
بر خلاف دیپ مایند، محققان این دانشگاه روش خود با نام "RoseTTAFold" را توسعه داده و آن را دردسترس عموم قرار دادند. اکنون نیز دانشمندان سراسر جهان در حال استفاده از آن برای ساخت مدل های پروتئینی هستند تا سرعت تحقیقات خود را افزایش دهند. گفتنی است این برنامه پس از آنکه در سایت گیت هاب قرار گرفت بلافاصله بیش از ۱۴۰ تیم تحقیقاتی مستقل برنامه را بارگیری کردند.
پروتئین ها شامل رشته هایی از اسیدهای آمینه که به صورت ساختار میکروسکوپی پیچیده در می آیند، هستند. این ساختارهای خاص باعث ایجاد هر فرآیند شیمیایی در موجودات زنده می شود. هرچه درک دانشمندان از این اشکال پروتئینی افزایش یابد، بهتر میتوانند درمانهای جدیدی برای سرطان (cancer)، کووید- ۱۹ و هزاران بیماری دیگر توسعه داده و روند درمان را تسریع کنند.
در این مطالعه جدید، گروهی از زیست شناسان محاسباتی به سرپرستی "دیوید بیکر" ابزاری نرم‌افزاری به نام RoseTTAFold را توسعه دادند. این ابزار نرم افزاری با استفاده از یادگیری عمیق می تواند ساختار پروتئین را به سرعت و با دقت و براساس اطلاعات محدود پیش بینی کند و این در حالی است که بدون وجود چنین نرم افزاری ، تعیین ساختار تنها یک پروتئین امکان دارد سالها به طول بیانجامد.
از طرف دیگر، RoseTTAFold می تواند به طور قابل اعتماد ساختار پروتئین را در کمتر از ۱۰ دقیقه در یک رایانه گیمینگ (gaming computer) محاسبه کند.
RoseTTAFold یک شبکه عصبی سه مرحله ای است و قادر است بطور همزمان الگوهای توالی پروتئین، نحوه تعامل آمینو اسیدهای پروتئین با یکدیگر و ساختار سه بعدی احتمالی پروتئین را بررسی کند.
- 9
- 3
